公司内部组织机构实行扁平化管理，下设16个二级部门。

          综合管理部、党委工作部、人力资源部、财务部、经营管理部、安全保卫部、质量标准部为公司职能管理部门，全面监督和支撑公司生产、运行、安全、服务、管理等各项工作。

          生产运行中心、配载业务部、贵宾服务部、旅客服务部、中转服务部、行李服务部、站坪服务部、飞机勤务部、后勤保障部作为公司业务部门，直接负责南航、厦航、重航及其他代理航班在大兴国际机场的进出港保障工作，并为国际、国内旅客提供客票服务、值机服务、登机服务、中转服务、特殊旅客服务、行李服务、站坪车辆服务等。